Tom Clancy’s Splinter Cell: Conviction được mở đầu một cách bí ẩn. 3 năm sau những sự kiện của phiên bản Double Agent, cựu thành viên của Navy SEAL – Victor Coste – đang bị giam giữ và hỏi cung trong trụ sở của tổ chức Black Arrow.
Qua những lời kể của nhân vật này, người chơi sẽ được biết về những sự kiện đã xảy ra trong toàn bộ nội dung của phiên bản Conviction. Một thời gian sau khi Sam Fisher biến mất, anh ta đột nhiên bị phát hiện tại Valetta (thuộc nước cộng hòa Malta) và kẻ làm điều đó là Anna “Grim” Grimsdóttír – một đồng sự cũ Sam trong tổ chức Third Echelon. Khi đó, cô ta đã cảnh báo Sam rằng anh ta đang bị theo đuôi bởi một toán sát thủ.